AYM, milletvekili seçilmeden önce Türkiye’de terör örgütü olarak tanımlanan Marksist Leninist Komünist Parti (MLKP/örgüt) üyesi Yasemin Çiftçi adlı kişinin mezarı başında gerçekleştirilen anma etkinliğindeki eylemlere katıldığı gerekçesiyle Yüksekdağ’ın milletvekilliğinin düşürülmesiyle “ifade özgürlüğünün ihlal edildiği” ve hakkında yargılamaya devam edilmesiyle “seçilme ve siyasi faaliyette bulunma hakkının ihlal edildiği” yolunda 2016’da yaptığı başvuruyla ilgili kararını verdi.AYM, Yüksekdağ’ın, milletvekili seçildikten sonra yargılanmasının devam etmesi ve buradan çıkan mahkumiyet kararı nedeniyle vekilliğinin düşürülmesine dair "hak ihlali" olduğu hükmünü verdi.
Yüksekdağ’ın milletvekili seçildikten sonra yargılanmasının sürmesini yasama dokunulmazlığı ihlali olarak değerlendiren AYM, Yüksekdağı’ın seçilme ve siyasi faaliyetlerinin engellendiğini kararlaştırdı.
Yüksekdağ'ın yeniden yargılama talebini reddeden AYM, Yüksekdağ’ın düşünce ve ifade özgürlüğü hakkı ile seçilme ve siyasi faaliyette bulunma hakkının ihlal edildiğine oy çokluğu ile karar verdi.AYM, ihlaller nedeniyle Yüksekdağ’a 30 bin TL manevi tazminat ödenmesine, Yüksekdağ’ın maddi kaybına dair belge sunmaması nedeniyle maddi tazminat talebinin ise reddine karar verdi.